Под микроскопом изучаются как ювелирные изделия с драгоценными камнями, так и незакрепленные камни (предварительно помещенные в пинцет).  При увеличении в камне можно увидеть мельчайшие включения и трещины, различные дефекты. При этом природные и синтетические камни имеют разные включения. Синтетические камни могут иметь включения газовых пузырей. В природных камнях характерными являются минеральные включения в виде тонких иголочек и пластинок. Диагностика природных и синтетических включений в огранённых камнях является задачей сложной для идентификации и зависит от опыта эксперта-геммолога.